Jan-Friedrich Missfelder ist Förderungsprofessor des Schweizerischen Nationalfonds (SNF) für Geschichte der Frühen Neuzeit am Departement Geschichte der Universität Basel. Er leitet dort das Forschungsprojekt Macht der Stimme. Medien der Vokalität in der Frühen Neuzeit.

Er studierte Geschichte, Musikwissenschaft und Politikwissenschaft in Göttingen, Leicester (GB) sowie an der Humboldt-Universität zu Berlin und wurde dort 2008 mit einer Arbeit zur politischen Ideengeschichte Frankreichs um 1600 promoviert. Von 2004 bis 2010 arbeitete Jan-Friedrich Missfelder als Wissenschaftlicher Assistent am Historischen Seminar der Universität Zürich, von 2009 bis 2017 zunächst als Wissenschaftlicher Mitarbeiter, dann als Senior Researcher im Nationalen Forschungsschwerpunkt "Mediality. Medienwandel - Medienwechsel - Medienwissen" an der Universität Zürich. Im akademischen Jahr 2013/14 nahm er ein Fellowship am Institute of Advanced Study/Kulturwissenschaftlichen Kolleg der Universität Konstanz wahr. Von 2017 bis 2018 war er Oberasisstent und Koordinator der Doktoratsstufe am Historischen Seminar der UZH, seit 2019 hat er eine Förderungsprofessur des SNF am DG der Universität Basel inne.

Jan-Friedrich Missfelders Forschungsschwerpunkte liegen in der frühneuzeitlichen Medien-, Klang- und Sinnesgeschichte, der Reformationsgeschichte sowie der Geschichtstheorie und Historiographiegeschichte. Sein aktuelles Forschungsprojekt ("second book") trägt den Titel "Gottes Wort und Zwinglis Wurst" und beschäftigt sich mit einer Sinnes- und Medialitätsgeschichte der Zürcher Reformation. 

Jan-Friedrich Missfelder war assoziiertes Mitglied des DFG-geförderten Graduiertenkollegs "Codierung von Gewalt im medialen Wandel" an der HU Berlin und Gründungsmitglied des Forschernetzwerkes "Hör-Wissen im Wandel". Er ist Mitglied des International Research Network "Soundscapes in the Early Modern World" und Redaktionsmitglied der traverse. Zeitschrift für Geschichte/Revue d'histoire.