In Basel wird das Mittelalter in seiner Gesamtheit von 500 bis 1500 mit seinen spätantiken Bedingungen wie mit seinen Nachwirkungen und Wahrnehmungen bis in die mediale Gegenwart behandelt. Schwerpunkte liegen auf dem Spätmittelalter und in der Renaissance.

Der Bereich Frühe Neuzeit fokussiert auf die Geschichte des 16.–18. Jahrhunderts. Die Schwerpunkte liegen auf der globalen Verflechtungsgeschichte, der Geschlechtergeschichte, der Kulturgeschichte des Politischen sowie der Mediengeschichte und Religionsgeschichte.

Die Neuere und Neueste Geschichte in Basel umfasst vornehmlich die europäische Geschichte des 19. und 20. Jahrhunderts. Sie beleuchtet die Geschichte der Beziehungen zwischen den Regionen in Europa sowie zwischen Europa und aussereuropäischen Regionen in längerfristigen Zeithorizonten.

Der Bereich Osteuropäische Geschichte an der Universität Basel beschäftigt sich mit einem geschichtsträchtigen Grossraum, der von den neuen Beitrittsländern der EU bis zur Ostgrenze Russlands reicht,  Südosteuropa und den Kaukasus einschliesst - eine Überlappungszone verschiedenster Ethnien, Sprachen, Religionen und Kulturen, in der die unterschiedlichsten Grossmächte sowie eine kommunistische Vergangenheit  Spuren hinterlassen haben.

Die Geschichte Afrikas wird am Departement Geschichte seit 1989 als Lehrangebot im Bereich aussereuropäische Geschichte unterrichtet. Seit 2001 besteht eine eigene Professur, deren Schwerpunkt auf dem südlichen Afrika liegt.