Seit der Organisationsreform der Philosophisch-Historischen Fakultät der Universität Basel im Jahr 2012 ist das Fach Geschichte in einem eigenen Departement organisiert. Das Historische Seminar setzt seine erfolgreiche Tätigkeit in Forschung und Lehre in einer neuen Struktur und als "Departement Geschichte" fort.
Das Departement Geschichte umfasst die Träger von Lehre, Forschung und Dienstleistung in den sechs Bereichen Geschichte des Mittelalters, Geschichte der Frühen Neuzeit, Neuere und Neueste Geschichte, Geschlechtergeschichte, Osteuropäische Geschichte und Afrikanische Geschichte mit insgesamt acht Professuren. Im Rahmen des Universitätsstatutes organisiert das Departement seine Entscheidungsprozesse in einer Reihe von Gremien und Selbstverwaltungsorganen.